2.对安全柜内壁、后壁、工作台面和前窗内侧进行清洁和消毒处理。
3.由于剩余的培养基可能会使微生物生长繁殖，因此在实验结束时，包括仪器设备在内的所有物品都应清除表面污染，并移出安全柜。
4.从安全柜内移出手臂之前，一定要进行表面消毒处理，然后垂直于工作区开口缓慢地移出。
5.在每次使用后，要清除生物安全柜内表面的污染。工作台面和内壁要用消毒剂进行擦拭，所用的消毒剂要能够杀死安全柜里的任何微生物。在每天实验结束时，应擦拭生物安全柜的工作台面、四周以及玻璃的内外侧等部位来清除表面的污染。在对目标生物体有效时，可以采用漂白剂溶液或70%酒精来消毒。在使用如漂白剂等腐蚀性消毒剂后，还必须用无菌水再次进行擦拭。
定期维护：
1.每三个月更换一次预过滤器。
2.每年更换一次紫外灯。
3.有下列情况之一时，应对生物安全柜进行现场检测：生物安全实验室竣工后，投入使用前，生物安全柜已安装完毕；生物安全柜被移动位置后；对生物安全柜进行检修后；生物安全柜更换高效过滤器后；生物安全柜一年一度的常规检测。现场检测应由有资质的专业人员按照生产商的说明对每一台生物安全柜的运行性能以及完整性进行评估，以检查其是否符合国家标准要求。安全柜防护效果的评估应该包括对安全柜的完整性、HEPA过滤器的泄漏、垂直气流的速度、工作窗口气流流向和平均风速、负压/换气次数、气流的烟雾模式以及警报和互锁系统进行测试。还可以选择进行漏电、光照度、紫外强度、噪音水平以及振动性测试。在进行这些测试时，检测人员要经过专门的培训，采用专门的技术和仪器设备。
4.每周采用空气落菌数相似的方法进行无菌检查。
5.生物安全柜在移动以及更换过滤器之前，必须清除污染。最常用的方法是采用甲醛熏蒸,应该由有资质的专业人员来清除污染。
