生物安全柜是能防止实验操作处理过程中某些含有危险性或未知性生物微粒发生气溶胶散逸的箱型空气净化负压安全装置，是实验室中用于保护实验人员、样品和环境不受污染的常见的重要设备，常见的应用有：
一、产生气溶胶的操作：
1、实验室基础操作：如琼脂板划线接种、使用吸管（尤其是吹打混匀）、多道移液器转移感染性试剂、离心沉淀物的重悬、涂片制备等。这些操作极易产生含有病原体的气溶胶微粒。
2、样本处理：对临床样本（血液、体液、尿液、痰液、组织活检等）进行分装、混合、涡旋等可能产生气溶胶的操作。
3、微生物学操作：对细菌、病毒、真菌、寄生虫等潜在传染性病原体进行培养、传代、浓缩、药敏试验等。
二、涉及潜在感染性材料的操作：
1、临床检验与诊断：在医院、疾控中心、实验室中处理所有可能含有未知或已知病原体的患者样本。
2、微生物学研究：操作已知或潜在的传染性病原体，处理用于分离和鉴定病原体的临床样本。
3、动物实验：操作感染了病原体或携带有害物质的实验动物（如接种、采样、解剖等），防止有害物质释放。
4、病毒载体操作：使用病毒（如慢病毒、腺病毒等）进行基因治疗研究或转染实验。
三、要求高度无菌环境的操作：
1、细胞与组织培养：进行细胞传代、转染、病毒感染实验，收集细胞上清或裂解液。生物安全柜是防止空气微生物污染培养物、确保细胞健康生长的关键屏障，尤其对易受支原体等污染的细胞系至关重要。
2、无菌制备：在制药与生物技术领域，无菌配制非挥发性或低浓度有毒化合物（前提是其浓度和性质能被HEPA有效过滤且不会损坏过滤器或气流）。
四、处理含有生物危害物质的液体或固体：如感染性试剂的转移、含潜在生物危害物质的细胞上清或裂解液的收集、感染动物体液的采集等。
