首先，层流罩是“罩”，而洁净工作台是“台”。层流罩大多是悬挂在需要净化工艺的顶部，不影响下面人员或器械的操作。而洁净工作台是用脚杯固定或者福马轮可移动的台子，人员可以在洁净区域的旁边操作。两者都可以单独使用，也可以多个组成洁净工作带。
其次，两者可形成的气流流型不同。层流罩多是垂直流，顶部吹出经过净化的空气，而洁净工作台垂直流和水平流都比较常用。不过两者都可以达到百级（ISO5级）的洁净度。
第三，层流罩一般为开放式，洁净工作台有开放式，也有封闭式。开放式的结构一般需要较好的大环境，而封闭性的洁净工作台设计有回风通道，可适合普通环境。
第四，应用工艺不同。层流罩适用于生物制药、手术室、食品加工、电子半导体、灌装、压塞等特殊工艺。而洁净工作台适用于生物医疗、电子半导体、光学等行业。
