1.注意分区
在日常操作过程中，安全柜内部应分为3个区，依次为洁净区、工作区、污染区。洁净区用于摆放吸头盒、培养基等必要物品；工作区用于无菌操作；废弃吸头等弃于位于污染区的垃圾盒内。
2.注意进气格栅
安全柜的进气格栅通常位于操作台前方，在操作时应尽量避免衣袖遮挡进气格栅干扰安全柜的安全气流，从而带来安全隐患。
3.勿放置过多物品
安全柜的操作台除了前面有进气格栅，后面也有格栅。如果在操作过程中放置的物品遮挡住后格栅，也会影响安全气流，给操作带来安全隐患。
4.保持操作台面下方清洁
建议定期将安全柜操作台面提起，清理台面下方区域，保持该区域清洁。
5.正确使用紫外灯
紫外灯杀菌的特点是快速、方便、易遮挡。因此，在使用紫外灯照射工作台时应保证内部干净无遮挡物品。
6.安全柜内勿使用酒精灯
正规合格的安全柜无需酒精灯即可进行无菌操作。点燃酒精灯还有可能干扰安全柜内的安全气流，使用不当还可能造成核心部件如超高效过滤器损坏，因此不建议在安全柜内使用酒精灯。
7.超净工作台≠生物安全柜
超净工作台不等同于生物安全柜，超净工作台只保护工作区的样品免受外来污染，适用于需要局部洁净无菌工作环境的试验操作。生物安全柜可以为人员，样品提供双重保护，是一种能防止实验操作处理过程中含有危险性或未知性生物微粒发生气溶胶散逸的安全防护
设备。
8.安全柜警报响起时请勿继续操作
当安全柜的警报系统触发时，请立即停止手上的工作，并联系专业的工程师。
9.安全柜自净周期
开启安全柜时，让安全柜先自主运行3-15分钟，来达到气流的稳定和净化操作区的空气以达到相应的洁净度级别。然后操作者再进行相关的实验操作即可。
10.正确着装为操作提供必要保护
当进行高危险性操作，如在BSL-3和BSL-4实验室防护等级，要进行三级个人防护，应选用医用防护口罩或N95口罩、双层乳胶手套、面屏、护目镜、医用防护服、防水靴套、双层医用防护帽。必要时双层口罩（外医用防护口罩，N95）。
11.生物安全柜必须进行年度认证
根据国际和中国相关生物安全实验室和生物安全柜标准，安全柜在移位、更换过滤器或内部维修后，都需要进行性能认证检测，而认证检测需要至少每年一次。
